Сравнение методов выделения экстраклеточных везикул из сыворотки крови человека

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Экстраклеточные везикулы (ЭВ) в последнее время стали важным объектом для изучения. Предполагается, что посредством ЭВ в организме осуществляется межклеточная коммуникация, в том числе регулирование экспрессии генов, управление такими процессами, как пролиферация и дифференцировка, а также многое другое. Также показана важная роль ЭВ в патологии. Важным практическим применением ЭВ считается их использование в качестве маркеров различных патологических состояний. В настоящее время понимание молекулярных механизмов действия ЭВ весьма ограничено, не в последнюю очередь в связи с методическими сложностями изучения этих объектов. В первую очередь стоит отметить, что не существует стандартизованного метода выделения ЭВ, а это является проблемой для более глубокого изучения ЭВ. Мы попытались подобрать наиболее приемлемый метод выделения ЭВ из сыворотки крови. Для этого ЭВ были выделены из сыворотки крови с помощью трех методов, после чего с помощью масс-спектрометрии определили белковый состав выделенных ЭВ. У каждого из проверенных методов нашлись свои преимущества и свои недостатки, что необходимо учитывать при планировании экспериментов в дальнейшем.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. А. Яковлев

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ; Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва; Москва

Т. А. Дружкова

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва

Н. А. Соловьева

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение “Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича”

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва

А. Б. Гехт

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва

Н. В. Гуляева

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ; Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва; Москва

Список литературы

  1. Thery C., Witwer K.W., Aikawa E., Alcaraz M.J., Anderson J.D., Andriantsitohaina R., Antoniou A., Arab T., Archer F., Atkin-Smith G.K., et al. // J. Extracell. Vesicles. 2018. V. 7. № 1.
  2. Belhadj Z., He B., Deng H.L., Song S.Y., Zhang H., Wang X.Q., Dai W.B., Zhang Q. // J. Extracell. Vesicles. 2020. V. 9. № 1.
  3. Khaspekov L.G., Yakovlev A.A. // Neurochem. J. 2023. V. 39. № 1. P. 1‒18.
  4. van Niel G., Carter D.R.F., Clayton A., Lambert D.W., Raposo G., Vader P. // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2022. V. 23. № 5. P. 369‒382.
  5. Brennan K., Martin K., FitzGerald S.P., O’Sullivan J., Wu Y., Blanco A., Richardson C., Mc Gee M.M. // Sci. Rep. 2020. V. 10. № 1.
  6. Dong L., Zieren R.C., Horie K., Kim C.-J., Mallick E., Jing Y., Feng M., Kuczler M.D., Green J., Amend S.R., Pienta K.J., Xue W. // J. Extracell. Vesicles. 2020. V. 10. № 2.
  7. Visan K.S., Lobb R.J., Ham S., Lima L.G., Palma C., Edna C.P.Z., Wu L.-Y., Gowda H., Datta K.K., Hartel G., Salomon C., Möller A. // J. Extracell. Vesicles. 2022. V. 11. № 9.
  8. Novikova S., Shushkova N., Farafonova T., Tikhonova O., Kamyshinsky R., Zgoda V. // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. № 18. P. 1‒29.
  9. Tyanova S., Temu T., Cox J. // Nat. Protoc. 2016. V. 11. № 12. P. 2301‒2319.
  10. Yakovlev A.A., Druzhkova T.A., Nikolaev R.V., Kuznetsova V.E., Gruzdev S.K., Guekht A.B., Gulyaeva N.V. // Neurochem. J. 2019. V. 13. № 4. P. 385‒390.
  11. Yerneni S.S., Solomon T., Smith J., Campbell P.G. // Biochim. Biophys. Acta Gen. Subj. 2022. V. 1866. № 2.
  12. Tóth E., Turiák L., Visnovitz T., Cserép C., Mázló A., Sódar B.W., Försönits A.I., Petővári G., Sebestyén A., Komlósi Z., Drahos L., Kittel Á., Nagy G., Bácsi A., Dénes Á., Gho Y.S., Szabó-Taylor K., Buzás E.I. // J. Extracell. Vesicles. 2021. V. 10. № 11.
  13. Wolf M., Poupardin R.W., Ebner-Peking P., Andrade A.C., Blöchl C., Obermayer A., Gomes F.G., Vari B., Maeding N., Eminger E., Binder H.M., Raninger A.M., Hochmann S., Brachtl G., Spittler A., Heuser T., Ofir R., Huber C.G., Aberman Z., Schallmoser K., Volk H.D., Strunk D. // J. Extracell. Vesicles. 2022. V. 11. № 4.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Анализ протеома ЭВ, выделенных разными методами. Число белков, идентифицированных с помощью масс-спектрометрического анализа, представлено на диаграмме Венна.

Скачать (63KB)
3. Рис. 2. Локализация белков, выявленных во фракции ЭВ, согласно базе данных FunRich. Показаны только те компартменты, белки которых достоверно обогащаются при выделении ЭВ. Во всех представленных компартментах для всех способов выделения происходит достоверное обогащение белков с достоверностью p < 0.001 по тесту Хи-квадрат с поправкой Бонферрони на множественные сравнения.

Скачать (136KB)

© Российская академия наук, 2024